Mustafa Tuna, 1957 yılında Sivas'ın Şarkışla ilçesinde doğdu. 1980 yılında İstanbul Teknik Üniversitesi İnşaat Mühendisliği Bölümü'nden mezun oldu. 1982 yılında İstanbul Teknik Üniversitesi İnşaat Fakültesi Çevre Mühendisliği Bölümü'nden Yüksek Mühendis ünvanını alan Tuna, 1982-1983 yılları arasında eğitim için ABD'de bulundu. Akademik gereklilikleri yerine getireren "Atıksu Arıtma Tesisleri Maliyet İndeksi ve Debi - Maliyet İlişkileri" konusundaki tez çalışmasını tamamladı. Tezinin ardından kendisine İTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından 1995 yılında Doktor Yüksek Mühendis unvanı verilmiştir.
1998 yılında Su Kirlenmesi ve Kontrolü Bilim Dalı'nda Üniversitelerarası Kurul tarafından "Doçent" ünvanını elde eden Mustafa Tuna, özel sektör çalışmalarıyla birlikte çevre teknolojisi, altyapı planlaması ve mühendislik ekonomisi alanlarında da akademik çalışmalarını sürdürdü.
Yaptığı ulusal ve uluslararası bilimsel yayınlar nedeniyle kendisine TÜBİTAK tarafından "Yayın Teşvik Ödülü" verilmiştir.
29 Mart 2009 yılında Ankara Sincan Belediye Başkanı olarak seçilen Mustafa Tuna, 2014 yerel seçimlerinde bir kere daha Sincan Belediye Başkanı olarak seçilmiştir.
